Les cellules T – la première ligne de défense de l’organisme – sont parfaitement capables de lutter contre le nouveau BA.2.86 ou « Pirola », une sous-variante hautement mutée du Covid-19.
En août, des chercheurs ont détecté une nouvelle « variante préoccupante » du SRAS-CoV-2 chez des patients en Israël et au Danemark. Depuis, cette variante, baptisée BA.2.86, a fait le tour du monde.
La variante Pirola a sonné l’alarme car elle est aussi mutée que la variante Omicron, par rapport à la première variante du SRAS-CoV-2 incluse dans les vaccinations initiales.
« On craint qu’un virus présentant un nombre aussi élevé de mutations « échappe » à l’immunité des lymphocytes T », a déclaré Alessandro Sette, professeur à l’Institut d’immunologie de La Jolla (LJI) aux États-Unis.
La nouvelle étude publiée dans la revue Cell Host & Microbe suggère que les cellules T peuvent voir à travers les mutations de Pirola et trouver leurs cibles.
“Notre analyse suggère qu’il y a des nouvelles positives”, a déclaré Alba Grifoni, professeur adjoint de recherche au LJI.
“Il semble qu’une exposition antérieure à Omicron – ou une vaccination avec les vaccins bivalents les plus récents – puisse armer une personne avec des lymphocytes T capables de ‘rattraper son retard’ et de générer des réponses spécifiques pour combattre Pirola.”
Pour la nouvelle étude, l’équipe s’est tournée vers une ressource appelée Immune Epitope Database (IEDB). Cette base de données contient des découvertes précieuses – recueillies par des immunologistes du monde entier – décrivant comment les cellules immunitaires reconnaissent des fragments, ou « épitopes », sur les microbes.
Les données ont aidé les chercheurs à dresser un tableau détaillé de la façon dont les vaccins contre le Covid-19 ou une exposition antérieure au SRAS-CoV-2 « entraînent » les cellules T à cibler les épitopes du SRAS-COV-2.
Ils ont extrait ces données IEDB et développé un pipeline bioinformatique pour prédire comment ces cellules T réagiraient au variant Pirola.
“Nous avons simulé la réponse des lymphocytes T au Pirola sur la base de données expérimentales et prédites des variantes précédentes du SRAS-CoV-2”, a déclaré Grifoni.
Les chercheurs ont découvert que la plupart des lymphocytes T pouvaient encore cibler les épitopes de Pirola.
Dans l’ensemble, 72 pour cent des fragments reconnus par les réponses des lymphocytes T « auxiliaires » CD4+ et 89 pour cent des épitopes des lymphocytes T « tueurs » CD8+ étaient inchangés, ou « conservés », entre les variantes.
Les chercheurs ont trouvé moins d’épitopes de lymphocytes T conservés sur la protéine « Spike » de Pirola, comme prévu étant donné qu’elle héberge la plupart des mutations.
De plus, seulement 56 pour cent des épitopes de cellules T « auxiliaires » CD4+ et des épitopes de cellules T « tueuses » CD8+ ont été conservés sur cette protéine structurelle majeure.
Il s’agissait d’un problème potentiel, car les vaccins actuels contre le Covid-19 sont conçus pour apprendre uniquement aux cellules immunitaires à reconnaître et à cibler les épitopes Spike.
Pourtant, lorsque les chercheurs ont examiné de plus près les fragments Spike, ils ont découvert que 96 pour cent des épitopes de lymphocytes T « auxiliaires » CD4+ et 62 pour cent des épitopes de lymphocytes T « tueurs » CD8+ étaient suffisamment similaires pour que les lymphocytes T puissent probablement encore les reconnaître. .
Bref, si Pirola veut échapper aux cellules T, il ne fait pas un très bon travail.
“Un grand nombre d’épitopes reconnus par le système immunitaire sont encore conservés sur la nouvelle variante Pirola”, a déclaré Sette. « Nous prévoyons fortement que le virus sera toujours reconnu par les cellules T. »
“Les lymphocytes T pourraient également être capables de “courir” après les peptides nouvellement mutés de Pirola pour développer une nouvelle réponse contre ces épitopes, comme nous l’avons vu pour d’autres variantes”, a ajouté Grifoni.
“Nous pensons que cela peut expliquer pourquoi, malgré l’évolution virale, nous n’avons pas vu de maladie plus grave dans les cas d’infection à Pirola ou d’autres variantes plus récentes.”
Grifoni a souligné que ces résultats sont des prédictions et non des observations basées sur des infections réelles à Pirola. Elle pense néanmoins qu’il est important de voir comment ces prédictions « in silico » (dans un ordinateur) se reflètent dans les études récentes du monde réel.
20231209174515
2023-12-10 00:20:27
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