Dans une étude récente publiée dans la revue Médecine naturelle, une équipe européenne de chercheurs a caractérisé quantitativement le profil du microbiome pour étudier l’association entre le microbiote intestinal et les transformations malignes du côlon dans le cancer colorectal. Ils visaient également à identifier les covariables liées au microbiome qui pourraient obscurcir les phénomènes biologiques impliqués dans l’association entre le microbiome intestinal et le cancer colorectal.
Étude : Les facteurs confondants du microbiome et le défi du profilage quantitatif ont prédit les cibles microbiennes dans le développement du cancer colorectal. Crédit d’image : FOTOGRIN/Shutterstock
Arrière-plan
L’incidence du cancer colorectal est en augmentation, notamment chez les personnes de moins de 50 ans. Il s’agit de la troisième forme de cancer la plus répandue et du deuxième taux de mortalité associé au cancer le plus élevé. Cependant, une détection et un traitement précoces peuvent diminuer efficacement la progression du cancer colorectal et réduire le risque de mortalité. On sait qu’une détection rapide par coloscopie et l’élimination des adénomes et des polypes réduisent le risque de cancer colorectal de 90 %.
Des recherches récentes sur le microbiote intestinal ont révélé que les modifications du microbiote intestinal étaient liées à divers phénotypes de maladies. Des études ont également rapporté une association entre des marqueurs bactériens, comme une augmentation Fusobactérie dans les selles et les lésions des patients atteints d’un cancer colorectal. Cependant, la détermination des facteurs de risque du cancer colorectal et le rôle des variables confondantes, qui peuvent améliorer le dépistage à l’échelle de la population, restent un défi.
À propos de l’étude
La présente étude a caractérisé quantitativement le profil du microbiote afin de déterminer ses associations avec les transformations malignes du côlon. Les chercheurs ont examiné près de 600 profils microbiens de patients dont les présentations cliniques nécessitaient une coloscopie, dont certains étaient des patients atteints d’un cancer colorectal. Ces profils microbiens ont ensuite été comparés à ceux d’études précédentes et aux ensembles de données existants, qui comprenaient des patients atteints d’un cancer colorectal et des témoins.
Les chercheurs ont également cherché à identifier les covariables susceptibles d’obscurcir ou de confondre les phénomènes biologiques sous-jacents à l’association entre le microbiote intestinal et le risque de cancer colorectal. Ils pensent que même si l’on sait que plusieurs variables peuvent influencer les profils du microbiome intestinal, le contrôle de ces covariables n’a pas été standardisé. Des facteurs tels que la teneur en humidité, connus pour avoir un impact significatif sur la variation globale du microbiome intestinal, ne sont pas pris en compte dans de nombreuses études.
En outre, l’approche du profilage relatif du microbiome, qui exprime l’abondance des taxons en pourcentages et constitue la méthode principalement utilisée dans les études sur le microbiome, présente divers problèmes liés aux compositions microbiennes et aux interprétations des profils relatifs. Par conséquent, une approche quantitative de profilage du microbiome, qui utilise des comparaisons normalisées de profils dans différentes conditions ou échantillons, contribue à réduire les taux de faux négatifs et de faux positifs.
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des évaluations cliniques et coloscopiques pour classer les participants en trois groupes : ceux ne présentant aucun signe de lésions du côlon, les patients présentant des lésions précancéreuses ou des polypes mesurant entre 6 mm et 10 mm et moins de 10, et patients à différents stades de cancer colorectal. La cytométrie en flux a été utilisée pour mesurer la charge microbienne des échantillons de selles prélevés auprès des participants.
De plus, la perte de masse après lyophilisation des échantillons de selles a été utilisée pour déterminer la teneur en humidité et les concentrations fécales de calprotectine ont également été mesurées. L’acide désoxyribonucléique (ADN) a été extrait des échantillons de selles et la séquence de l’acide ribonucléique (ARN) ribosomal 16S a été amplifiée par réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour le profilage microbien.
Résultats
Les résultats ont montré que des biomarqueurs établis du cancer colorectal, tels que Fusobactérien’étaient pas associés de manière significative au diagnostic de cancer colorectal après contrôle de covariables telles que l’indice de masse corporelle (IMC), la calprotectine fécale (un indicateur de l’inflammation intestinale) et le temps de transit (mesuré en utilisant la teneur en humidité comme indicateur).
Cependant, l’étude a révélé des associations robustes entre le risque de cancer colorectal et les espèces bactériennes telles que Intermédiaire Prevotella, Porphyromonas asaccharolytica, Peptostreptocoque anaérobius, Parvimonas micra, Pneumosintes à cadranet Anaérocoque vaginalis. Les chercheurs pensent que ces bactéries devraient être ciblées en tant que biomarqueurs potentiels du risque de cancer colorectal.
De plus, les individus qui ne présentaient pas de lésions au niveau du côlon mais dont les tests immunochimiques fécaux justifiaient la nécessité d’une coloscopie ont été enrichis en entérotype Bacteroides2, indiquant toutes les caractéristiques de la dysbiose du microbiome intestinal telles qu’une faible richesse microbienne, une faible numération cellulaire, une diminution de bactéries productrices de butyrate, une plus grande abondance de bactéries pro-inflammatoires et des concentrations plus élevées de calprotectine fécale. Ces résultats mettent également en évidence les incertitudes impliquées dans la détermination de contrôles sains pour la recherche liée au microbiome du cancer.
Conclusions
Dans l’ensemble, la caractérisation quantitative des profils microbiens de patients atteints d’un cancer colorectal, de polypes ou de lésions précancéreuses a révélé que les biomarqueurs établis du risque de cancer colorectal n’étaient pas significatifs une fois ajustés en fonction de covariables telles que la teneur en humidité, l’IMC et la calprotectine fécale. Cependant, des associations robustes ont été trouvées entre de nombreuses autres espèces bactériennes et le cancer colorectal, qui peuvent potentiellement être ciblées comme biomarqueurs.
De plus, les résultats ont révélé que les individus sans lésions coliques mais avec des tests immunochimiques fécaux positifs présentent des enrichissements de l’entérotype pour la dysbiose du microbiome, soulignant la nature complexe des microbiomes cancéreux.
Référence du journal :
- Tito, RY, Verbandt, S., Vazquez, A., Lahti, L., Verspecht, C., LlorénsRico, V., VieiraSilva, S., Arts, J., Falony, G., Dekker, E., Reumers , J., Tejpar, S. et Raes, J. (2024). Les facteurs de confusion du microbiome et le défi du profilage quantitatif prédisaient les cibles microbiennes dans le développement du cancer colorectal. Médecine naturelle. DOI : 10.1038/s41591024029632, https://www.nature.com/articles/s41591-024-02963-2
2024-05-02 05:51:00
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